Una mención especial merece la línea de Justicia y seguridad ciudadana que aparece ya en las primeras comisiones mixtas entre España y Panamá y que ha ido evolucionando a lo largo de los años. Esta línea de trabajo se ha desarrollado a lo largo de los años utilizando diferentes instrumentos de cooperación, desde subvenciones de estado, asistencias técnicas (Programa COOTEC), fondos fiduciarios (Fondo España-PNUD, Fondo España-SICA), hasta cooperación delegada de la Comisión Europea.
Esta diversidad de mecanismos e instrumentos han permitido abordar la temática tanto desde un ámbito bilateral de cooperación con Panamá, como regional a través del apoyo a la Estrategia de Seguridad de Centro América (ESCA).
En la actualidad, son varias las intervenciones que se están desarrollando y que articulan sus acciones en pro de la Justicia y la Seguridad Ciudadana:
Programa de Fortalecimiento de la Administración de Justicia y Seguridad Ciudadana