En los primeros años de trabajo en materia de justicia se desarrollaron varias intervenciones separadas, con diferentes instancias. A partir del año de 2011, momento de la firma de la VI Comisión Mixta, esta línea de trabajo adquirió un enfoque más programático en el que las diferentes instituciones comprometidas formularon el Programa de Fortalecimiento de las Administraciones de Justicia y Seguridad Ciudadana tomando como eje vertebrador el sistema penal acusatorio. El objetivo del programa se centró en la contribución con la Seguridad Ciudadana a través del fortalecimiento de las instituciones que conforman el sistema de administración Justicia y Seguridad, para prevenir el incremento de la criminalidad y violencia en el país.
Este Programa respondió a la necesidad de aunar esfuerzos para lograr un efecto multiplicador en el incremento de la seguridad ciudadana reduciendo los niveles de criminalidad y violencia en el país. El trabajo conjunto con la comunidad internacional en el tema de fortalecimiento de la Administración de Justicia y Seguridad fue fundamental para asegurar la estabilidad del país. Se puso para ello especial énfasis en los principios de apropiación por parte de las entidades públicas de la República de Panamá, razón por la que el Órgano Judicial de Panamá, como entidad beneficiaria, coordinadora y responsable de la gestión del Programa (técnica y administrativamente), trabajó en estrecha colaboración con las demás instituciones gubernamentales de su ejecución (Ministerio Público, Instituto de Medicina Legal y Ciencias Forenses (IMELCF), Ministerio de la Presidencia, Policía Nacional, Instituto Nacional de la Mujer (INAMU), Secretaría Nacional de Niñez, Adolescencia y Familia (SENNIAF).
A través del citado programa se actuó en cuatro grandes líneas de actuación: Fortalecimiento de las instituciones de prevención; Fortalecimiento del Sistema Judicial; Fortalecimiento de los Órganos de la Seguridad del Estado y Fortalecimiento de las instituciones que intervienen en el nuevo Sistema Penal Acusatorio.
Los resultados alcanzados fueron:
Se realizaron actuaciones en materia de prevención de la violencia contra las mujeres, niños, niñas y adolescentes.
Se mejoró el sistema de administración de justicia en materia de acceso a la justicia.
Se mejoró el Sistema de formación, promoción y especialización de la Policía Nacional con perspectiva de género y atención a grupos vulnerables.
Se fortalecieron las capacidades de los funcionarios que intervienen en el marco del nuevo Sistema Penal Acusatorio.